충북대학교 약학대학의 교육 목표는 “질병의 예방과 치료에 사용되는 의약품의 개발, 제조 및 임상응용에 관한 전문가적인 학식과 지도자적인 인격을 겸비하여 국민보건 향상과 바이오산업 발전에 공헌할 수 있는 인재양성” 이다.
세부 목표는 다음과 같다.

1. 훌륭한 인격과 사회적 윤리관을 겸비한 지도자로서의 자질을 갖추게 한다.
   
2. 의약품에 대한 학문적 이론을 습득하고 이를 응용할 수 있는 전문가를 양성한다.
   
3. 국민보건향상 및 국가발전에 이바지할 수 있는 약학 전문인을 양성한다.